topiary.ncbi

Interface to NCBI blast and entrez.

• topiary.ncbi.blast
  • topiary.ncbi.blast.local
    • local_blast()
  • topiary.ncbi.blast.make
    • make_blast_db()
  • topiary.ncbi.blast.merge
    • merge_and_annotate()
    • merge_blast_df()
  • topiary.ncbi.blast.ncbi
    • ncbi_blast()
  • topiary.ncbi.blast.read
    • check_for_cpu_limit()
    • read_blast_xml()
    • records_to_df()
  • topiary.ncbi.blast.recip
    • recip_blast()
  • topiary.ncbi.blast.util
• topiary.ncbi.entrez
  • topiary.ncbi.entrez.download
    • ncbi_ftp_download()
  • topiary.ncbi.entrez.proteome
    • get_proteome()
    • get_proteome_ids()
  • topiary.ncbi.entrez.sequences
    • get_sequences()
  • topiary.ncbi.entrez.taxid
    • get_taxid()